Overganger før sesongen

Galatasaray gjorde små forandringer i troppen etter klubben ble seriemestere sist sesong. Under sommerens overgangsvindu i 2007 hentet Galatasaray Marcelo Carrusca (22) fra Estudiantes LP for 2 millioner euro, Mehmet Topal (20) fra Canakkale Dardanel for 1 millioner euro, og Junichi Inamoto (26) fra West Bromwich Albion for 300 tusen euro, mens tidligere Galatasaray-spiller Okan Buruk (32) kom gratis til klubben fra Beşiktaş.

Alioum Saidou (28), Marek Heinz (29), Altan Aksoy (30), Volkan Arslan (28) og Yalçın Ayhan (24) var blant spillere som forlot Galatasaray gratis.

Tap i supercupen

Galatasaray tapte den tyrkiske supercupen 0-1 mot Beşiktaş 30. juni 2006. Mert Nobre scoret kampens eneste mål i det 60. minutt, i en kamp som ble spilt i Tyskland på Deutsche Bank Park.

Svak start i Süper Lig

Galatasaray spilte 1-1 mot Ankaraspor på bortebane i serieåpningen 4. august 2006. I den andre serierunden slo Galatasaray Kayserispor 4-0 på Ali Sami Yen. Den offensive midtbanespilleren Saša Ilić scoret to av målene, og sto med tre scoringer på de første to ligakampene. Galatasaray spilte avgjort mot Manisaspor (2-2), Gaziantepspor (2-2) og Denizlispor (1-1) i de tre påfølgende ligakampene.

I den sjette serierunden, 17. september 2006, slo Galatasaray byrival Beşiktaş 1-0 på Ali Sami Yen etter scoring av Ümit Karan på straffespark. I serierunden etter gikk Galatasaray på sitt første ligatap for sesongen, da de tapte 3-1 for Trabzonspor på bortebane. Etter kampen lå Galatasaray på sjetteplass, syv poeng bak serieleder Manisaspor.

Galatasaray klatret på tabellen, og etter 15 runder lå de på andreplass, fire poeng bak Fenerbahçe før lagene møttes på Şükrü Saracoğlu Stadion 3. desember 2006. Alex sendte Fenerbahçe i føringen i det 24. minutt, før Mateja Kežman doblet ledelsen ett minutt senere. Ümit Karan scoret et trøste mål for Galatasaray i andre omgang i en kamp som endte med 2-1-tap.

Galatasaray slo tilbake med en 3-1-seier over Bursaspor i den neste runden, og avsluttet på andreplass etter halvspilt sesong, syv poeng bak Fenerbahçe.

Sisteplass i gruppespillet i Champions League

Etter å ha beseiret Mlada Boleslav i kvalifiseringen til Champions League, tok Galatasaray seg inn i gruppespillet. Første kvalifiseringskamp mot tsjekkerne endte med 5-2-seier på Ali Sami Yen, mens returoppgjøret endte 1-1.

Galatasaray valgte å spille hjemmekampene sine på Atatürk Olympiastadion i gruppespillet, der de møtte Liverpool, PSV Eindhoven og Girondins Bordeaux.

Over 70,000 tilskuere så Galatasaray spille 0-0 mot Girondins Bordeaux på Atatürk Olympiastadion på kampdag én. Etter det gikk Galatasaray på fire strake tap. Først et 3-2-tap borte mot Liverpool, før begge kampene mot PSV Eindhoven på kampdag tre og fire endte med tap. Etter 3-1-tapet på bortebane mot Girondins Bordeaux på kampdag fem, var muligheten til å ta tredjeplassen, som ga spill i UEFA-cupen, ute før siste kamp. Galatasaray avsluttet med å slå Liverpool 3-2 på Atatürk Olympiastadion i den siste kampen. Necati Ateş, Okan Buruk og Saša Ilić scoret målene for Galatasaray.

Siste halvdel av sesongen

I februar 2007 røyk Galatasaray ut i kvartfinalen fra den tyrkiske cupen mot Kayseri Erciyesspor. Begge oppgjørene endte med 0-0 til ordinær tid, men i ekstraomgangene i returkampen på Ali Sami Yen, tok Kayseri Erciyesspor seg videre på bortemålet etter at begge lagene scoret.

Galatasaray klarte aldri ta igjen Fenerbahçe i siste halvdel av sesongen.  Galatasaray tapte tre ligakamper de måtte vinne mot Gaziantepspor, Beşiktaş og Kayseri Erciyesspor. To runder før slutt sikret Fenerbahçe seriemesterskapet.

Vannderby-kampen

19. mai 2007, gjestet Fenerbahçe Ali Sami Yen etter de nylig hadde blitt seriemestere. På grunn av tusenvis av plastvannflasker, bluss, stadionseter og annet materiale kastet av Galatasaray-fans på banen, fikk kampen kallenavnet «vannderby» (tyrkisk : sulu derbi ). Dommeren stoppet til slutt kampen, men etter en liten pause ble kampen gjenopptatt. Fenerbahçe vant til slutt kampen 1-2.

Galatasaray måtte spille de neste 10 hjemmekampene uten tilskuer etter hendelsen.

Ender på tredjeplass i Süper Lig

Etter å ha tapt den siste ligakampen mot Bursaspor, endte Galatasaray på tredjeplass, 14 poeng bak Fenerbahçe og 5 poeng bak Beşiktaş.

Arda Turans gjennombruddsesong

Ümit Karan ble Galatasarays toppscorer med totalt 22 mål på 39 kamper i alle turneringer, hvor 18 mål kom i ligaen, 2 mål i Champions League og 2 mål i cupen. Arda Turan, som ble 20 år i januar 2007, hadde sin gjennombrudds-sesong og noterte seg for flest målgivende pasninger for Galatasaray . Han hadde 11 målgivende pasninger i alle turneringer, i tillegg til 8 mål. 

Alex de Souza ble toppscorer (Gol Kralı) i Süper Lig med 19 scoringer for  Fenerbahçe.